Na domě čp.808 v Mezibranské ulici 23 Praha 1 Nové Město je mramorová pamětní deska s textem:
„V tomto domě žil a zemřel MUDr.Josef Thomayer řádný profesor při Universitě Karlově, věhlasný učenec a spisovatel, který věnoval své milionové jmění a literární a umělecké poklady Ústřední Matici školské, Národnímu museu, Universitě Karlově a Moderní galerii pro Čechy *V Trhanově 23.března 1853 †v Praze 18.října 1927“.
Deska byla odhalena v roce 1937.